Luận án Nghiên cứu chế tạo bộ Kit Lamp chẩn đoán nhiễm giun lươn đường ruột (Strongyloides stercoralis) ở người 2017-2020
Trang 1
Trang 2
Trang 3
Trang 4
Trang 5
Trang 6
Trang 7
Trang 8
Trang 9
Trang 10
Tải về để xem bản đầy đủ
Bạn đang xem 10 trang mẫu của tài liệu "Luận án Nghiên cứu chế tạo bộ Kit Lamp chẩn đoán nhiễm giun lươn đường ruột (Strongyloides stercoralis) ở người 2017-2020", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên.
Tóm tắt nội dung tài liệu: Luận án Nghiên cứu chế tạo bộ Kit Lamp chẩn đoán nhiễm giun lươn đường ruột (Strongyloides stercoralis) ở người 2017-2020
F3 285 305 21 B3 510 489 22 LF 316 336 21 LB 488 465 24 Sản phẩm khuếch đại sau phản ứng LAMP bằng cặp mồi F3-B3 có kích thước theo lý thuyết là 226 bp < 250 bp. 56 Bảng 3.3 Khoảng cách giữa các mồi được thiết kế Khoảng cách Độ dài (bp) Yêu cầu Đầu 5’ của F2 đến đầu 5’ của B2 152 120 – 180 Đầu 5’ của F2 đến đầu 3’ của F1 45 40 – 60 Đầu 5’ của B2 đến đầu 3’ của B1 50 40 – 60 Đầu 3’ của F3 đến đầu 5’ của F2 11 0 – 20 Đầu 3’ của B3 đến đầu 5’ của B2 1 0 – 20 Khoảng cách giữa các mồi đều thỏa mãn yêu cầu của hệ mồi. Bảng 3.4 Nhiệt độ nóng chảy và khả năng tạo bắt cặp dimer mồi (dG <- 2,34) của bộ mồi xác định giun lươn đường ruột Tên mồi Nhiệt độ nóng chảy Tm 5'dG 3'dG Tỷ lệ GC F3 56,60 -5,53 -4,06 0,38 B3 57,89 -5,04 -4,85 0,41 FIP BIP LF 56,79 -4,43 -4,55 0,43 LB 63,00 -7,64 -3,15 0,46 - Về thành phần %GC, các mồi đều có %GC nằm trong tỉ lệ cho phép (38% - 46%). - Nhiệt độ nóng chảy của các cặp mồi đều thỏa mãn điều kiện của mồi LAMP chuẩn. - Mức năng lượng tự do ở các đầu 3’ của các mồi F2/B2; F3/B3; LF/LB và đầu 5’của F1c/B1c được thiết kế có ∆G từ -7,64 đến -4,06 < -4Kcal/mol, đây là yêu cầu bắt buộc đối với một bộ mồi LAMP. 57 Như vậy, bộ mồi chúng tôi thiết kế đáp ứng đủ các điều kiện đề ra của một hệ mồi LAMP. 3.1.1.2 Khảo sát tính đặc hiệu của bộ mồi Tính đặc hiệu của bộ mồi được khảo sát bằng cả lý thuyết và thực nghiệm. Trên lý thuyết để khẳng định sản phẩm PCR khuếch đại bằng bộ mồi đúng là trình tự của loài Strongyloides stercoralis, chúng tôi sử dụng chương trình Primer Blast trên NCBI để kiểm tra tính đặc hiệu của cặp mồi F3-B3. Kết quả thu được cho thấy, mồi bắt cặp hoàn toàn với trình tự 18S rRNA của Strongyloides stercoralis được công bố trên NCBI. Hình 3.4: Kết quả khảo nghiệm tính đặc hiệu trên ngân hàng gen 58 - Khảo sát bằng thực nghiệm: Kiểm tra phản ứng chéo của bộ mồi thiết kế Để kiểm tra phản ứng chéo của bộ mồi thiết kế, chúng tôi đã tiến hành các bước sau: + Thực hiện phản ứng PCR sử dụng cặp mồi F3/B3 với mẫu ADN của giun móc, giun mỏ, Gnathostoma sp + Điện di kiểm tra sản phẩm nhân bản trên gel agarose. + Kết quả đạt yêu cầu khi không có sản phẩm nhân bản của cặp mồi F3/B3 thiết kế với ADN của giun móc, giun mỏ, Gnathostoma sp Kết quả sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 2% để kiểm tra sự bắt cặp của mồi trên gen 18S của từng loài. Hình 3.5: Sản phẩm PCR sử dụng cặp mồi F3-B3 của Strongyloides stercoralis Làn 1-3: Strongyloides stercoralis Làn 4: Giun móc Ancylostoma duodenale Làn 5: Giun mỏ Necator americanus Làn 6: Gnathostoma sp Làn 7: Chứng âm 59 Bảng 3.5 Kết quả đánh giá tính đặc hiệu của cặp mồi ADN Mồi F3-B3 Giun lươn đường ruột + Giun móc - Giun mỏ - Gnathostoma sp - Từ kết quả điện di trên gel agarose 2% cho thấy chứng dương: có vạch sản phẩm với kích thước như dự kiến (226bp), không xuất hiện băng phụ và nhiệt độ biến tính đúng thiết kế. Chứng âm không có sản phẩm khuếch đại. Như vậy, kết quả này cho thấy không có sự bắt cặp chéo của cặp mồi với các loài khác, chứng tỏ mồi hoạt động tốt, thể hiện tính đặc hiệu của hệ mồi. 3.1.2 Kết quả xác định các điều kiện phản ứng LAMP với bộ mồi tự thiết kế 3.1.2.1 Nhiệt độ của phản ứng LAMP Một đặc điểm đặc trưng của LAMP là khuếch đại ADN hiệu quả trong điều kiện đẳng nhiệt với nhiệt độ phù hợp cho phản ứng có thể dao động từ 50-68°C. Nhiệt độ mồi tính theo lý thuyết là nhiệt độ tham khảo, nhiệt độ bắt cặp thực sự có thể cao hơn 3-120C so với nhiệt tính toán. Trên cơ sở này, chúng tôi đã tiến hành khảo sát nhiệt độ trong khoảng từ 600C đến 650C, ngoại trừ sự thay đổi về nhiệt độ lai còn các thành phần khác (ADN bản mẫu, mồi, đệm phản ứng) và các điều kiện khác (điều kiện về thiết bị, thời gian phản ứng,) của phản ứng đều được giữ nguyên và đồng nhất, thí nghiệm được lặp lại 3 lần. Kết quả điện di sản phẩm LAMP cho thấy không có sự khác biệt giữa 3 điểm nhiệt độ khảo sát là 630C, 640C, 650C (Hình 3.6). Commented [BH1]: Em xem lại format tiêu đề của các bảng nhé 60 Hình 3.6 Sản phẩm LAMP khảo sát ở dải nhiệt độ 600C – 650C Trong nghiên cứu này, chúng tôi lựa chọn điểm nhiệt độ trung bình là 63°C cho phản ứng LAMP. Nhiệt độ 63°C được đánh giá là tạo điều kiện ủ mồi và tăng cường khả năng chịu đựng các chất ức chế thường được tìm thấy trong các mẫu chẩn đoán bệnh; một lợi thế polymerase khác. Đây cũng là nhiệt độ phù hợp nhất cho hoạt tính xúc tác của enzyme trong vi khuẩn so với Bacillus tự nhiên. Từ kết quả nghiên cứu này, nhiệt độ 63°C được lựa chọn để tiến hành các thí nghiệm tiếp theo. 3.1.2.2 Nồng độ MgSO4 Trong phản ứng LAMP, nồng độ MgSO4 thích hợp thường nằm trong khoảng 4mM đến 8mM. Khi tiến hành khảo sát nồng độ MgSO4, chúng tôi tiến hành các phản ứng ở cùng nhiệt độ lai 630C (nhiệt độ tối ưu từ thử nghiệm ở trên), thành phần các chất tham gia phản ứng là như nhau, chỉ khác biệt về nồng độ MgSO4: 4mM, 6mM và 8mM, thí nghiệm được lặp lại ba lần. Kết quả được đánh giá thông qua điện di sản phẩm trên gel agarose 2% (hình 3.7A, B) 61 Hình 3.7.A: Sản phẩm LAMP ở nồng độ 8mM (Làn 1-8) và 6mM (Làn 10-16). Hình 3.7.B: Sản phẩm LAMP ở nồng độ 4mM Sau khảo sát, chúng tôi nhận thấy rằng, MgSO4 ở nồng độ 4mM không có sản phẩm khuếch đại, MgSO4 ở nồng 6mM cho sản phẩm không ổn định, hiệu suất không cao, MgSO4 ở nồng độ 8mM cho sản phẩm LAMP với hiệu suất khuếch đại cao và ổn định. Do vậy, chúng tôi chọn MgSO4 ở nồng độ 8mM là nồng độ tối ưu cho phản ứng LAMP. 3.1.2.3 Thời gian tiến hành phản ứng LAMP Tiến hành khảo sát thời gian tối thiểu thực hiện phản ứng LAMP ở các mức điều kiện thời gian 40 phút, 60 phút, trừ sự thay đổi về thời gian còn các thành phần (ADN khuôn, mồi, đệm phản ứng, nồng độ MgSO4 tối ưu từ thử nghiệm ở trên là 8mM) và các điều kiện khác (thiết bị) của phản ứng đều được giữ nguyên và đồng nhất, thí nghiệm được lặp lại 3 lần. Kết quả cho thấy thời gian tối thiểu để khuếch đại ADN trong phản ứng LAMP của bộ kit là 60 phút (hình 3.8). 62 Hình 3.8 Sản phẩm LAMP sau thời gian phản ứng 40 phút (Làn 1-8) và 60 phút (Làn 9-16). 3.1.2.4 Chất chỉ thị màu sử dụng để đọc kết quả LAMP. Chất chỉ thị màu Xanh malachite (MG), ([C6H5C (C6H4N (CH3) 2) 2] Cl) đã được sử dụng thành công như là một chất chỉ thị nhạy với pH để phát hiện các sản phẩm LAMP. Sự thay đổi màu sắc của MG (dạng cation) phụ thuộc vào pH của dung dịch (pH 10: không màu). Bước sóng hấp thụ cho MG là 621nm. Trong xét nghiệm LAMP-MG, các mẫu dương tính và âm tính dễ dàng được phân biệt bằng mắt thường là màu xanh nhạt và không màu, tương ứng. Hình 3.9.A: Hình ảnh các ống trước phản ứng. Hình 3.9.B: Hình ảnh màu của các ống sau phản ứng: Mẫu dương có màu xanh nhạt; mẫu âm không màu 63 Các nồng độ MG được khảo sát là 0,0012%, 0,008%, 0,004% và 0,001%. Mỗi một nồng độ được tiến hành lặp lại 3 lần, kết quả được quan sát và ghi nhận bởi 3 người độc lập. Hình 3.10 Kết quả khảo sát nồng độ MG để đọc kết quả LAMP Bảng 3.6 Báo cáo quan sát chất chỉ thị màu MG ở các nồng độ khác nhau trong thử nghiệm LAMP. Nồng độ MG Mẫu Màu xanh lam % Dương tính % Âm tính Có Không 0,001% Chứng dương 0 36* 0% 100% Chứng âm 0 36 0% 100% 0,004% Chứng dương 36 0 100% 0% Chứng âm 0 36 0% 100% 0,008% Chứng dương 36 0 100% 0% Chứng âm 27 9 75% 25% 0,012% Chứng dương 36 0 100% 100% Chứng âm 31 5 86,1% 13,8% *: Mỗi nồng độ lặp lại 3 lần, với 4 mẫu và được ghi nhận bởi 3 người quan sát độc lập. Tổng cộng ở mỗi nồng độ có 36 lần đọc. 64 Kết quả cho thấy có sự tương đồng 100% giữa 3 người quan sát và kết luận nồng độ MG 0,004% là nồng độ tối ưu có thể phân biệt được các mẫu dương tính và âm tính. Nồng độ MG cao hơn dẫn đến sự gia tăng dương tính giả, Nồng độ MG thấp sẽ không thể phân biệt được mẫu âm và mẫu dương. Màu xanh lam ở các ống mẫu dương tính sau phản ứng vẫn còn nguyên màu cho đến tối đa 6 tuần, ở điều kiện nhiệt độ phòng. Thời gian sau 6 tuần không được nghiên cứu. Các thí nghiệm sau đó đã được thực hiện bằng cách sử dụng nồng độ cuối cùng là 0,004% MG. 3.1.3 Ngưỡng phát hiện của bộ kit LAMP Ngưỡng phát hiện của kỹ thuật LAMP xác định giun lươn đường ruột được xác định bằng cách thực hiện phản ứng LAMP với nền mẫu là dãy nồng độ ADN pha loãng từ plasmid tái tổ hợp mang đoạn gen 18S rRNA đặc trưng của Strongyloides stercoralis. Thử nghiệm được chia làm hai giai đoạn. Giai đoạn một: Thực hiện dò điểm giới hạn phát hiện sơ cấp bằng cách thực hiện phản ứng LAMP với dãy 6 nồng độ plasmid tái tổ hợp được pha loãng bậc 10 liên tiếp (từ 10-6ng/µl đến 10-11ng/µL). Nồng độ thấp nhất mà tại đó luôn có sản phẩm khuếch đại sau phản ứng LAMP chính là ngưỡng phát hiện sơ cấp cần tìm. Giai đoạn hai: Thực hiện dò ngưỡng phát hiện với độ tin cậy 95% (LOD95%) bằng cách thực hiện phản ứng LAMP với dãy nồng độ plasmid tái tổ hợp được pha loãng tiệm cận với nồng độ của ngưỡng phát hiện sơ cấp của giai đoạn 1. 65 Bảng 3.7 Kết quả khảo sát ngưỡng phát hiện sơ cấp của bộ mồi LAMP Nồng độ (ng/µL) Kết quả Lần 1 Lần 2 Lần 3 10-6 (+) (+) (+) 10-7 (+) (+) (+) 10-8 (+) (+) (+) 10-9 (-) (-) (-) 10-10 (-) (-) (-) 10-11 (-) (-) (-) Neg1 (-) (-) (-) Neg2 (-) (-) (-) Kết quả cho thấy, ngưỡng phát hiện sơ cấp của bộ mồi là 10-8 ng/µL tương ứng với 2,82x100 copies/ µL. 66 Kết quả được đánh giá bằng cách quan sát sự thay đổi màu dung dịch trong các ống sau phản ứng LAMP và điện di sản phẩm trên gel agarose 2%. Hình 3.11. Kết quả khảo sát ngưỡng phát hiện của bộ mồi LAMP chẩn đoán giun lươn đường ruột. Ống 1: nồng độ ADN 10-6ng/µL. Ống 5: nồng độ ADN 10-10ng/µL. Ống 2: nồng độ ADN 10-7ng/µL. Ống 6: nồng độ ADN 10-11ng/µL Ống 3: nồng độ ADN 10-8ng/µL. Ống 7: Chứng âm 1 Ống 4: nồng độ ADN 10-9ng/µL. Ống 8: chứng âm 2 Hình ảnh chất chỉ thị màu và chất điện di cũng thể hiện ngưỡng phát hiện sơ cấp của bộ mồi là 10-8 ng/µL. 67 Bảng 3.8 Khảo sát ngưỡng phát hiện của bộ kit chẩn đoán giun lươn đường ruột TT Nồng độ (ng/μl) Số lượng bản sao (bản sao gen/μl) Số lần lặp lại Số lần dương tính Tỉ lệ dương tính (%) 1 1x10-6 2,82x102 12 12 100,00 2 1x10-7 2,82x101 12 12 100,00 3 1x10-8 2,82x100 12 12 100,00 4 7,5x10-9 2,12x100 12 11 91,67 5 5 x 10-9 1,41x100 12 8 66,67 6 2,5x10-9 7,05 x 10-1 12 6 50,00 7 1,25x10-9 3,53x10-1 12 4 33,33 8 1x10-9 2,82 x10-1 12 2 16,67 9 6,25 x10-10 1,41 x10-1 12 1 8,33 10 3,125x10-10 7,05x10-2 12 0 0,00 11 0 0 12 0 0,00 LOD95% của của bộ kit LAMP chẩn đoán GLĐR sau khảo sát là 2,12x100 số bản sao gen/µL (95% CI:1,71x100 bản sao gen/μl đến 2,89 x100bản sao gen/μl). Đây là ngưỡng phát hiện tốt, cho phép phát hiện tác nhân gây bệnh ở mật độ thấp. 68 Hình 3.12. Đồ thị biểu diễn LOD 95% của bộ kit LAMP chẩn đoán GLĐR. 3.1.4 Kết quả xây dựng chứng dương 3.1.4.1 Kết quản nhân bản đoạn gen đích chứa trình tự thiết kế mồi LAMP bằng phương pháp PCR Thực hiện PCR đơn với cặp mồi đặc hiệu nhân bản đoạn trình tự đích bao chọn vùng trình tự thiết kế mồi LAMP sử dụng để xác định GLĐR trên gen 18S rRNA từ mẫu ADN chuẩn. Điện di để kiểm tra sản phẩm PCR trên gel agarose 1%. Hình 3.13. Sản phẩm PCR chứa trình tự gen đích Strongyloides stercoralis 69 Kết quả thu được đoạn gen đích có kích thước 226 bp đúng như kích thước thiết kế. Các băng ADN này được tiến hành tinh sạch và giải trình tự so sánh với gen 18S rRNA của Strongyloides stercoralis trên ngân hàng gen. Kết quả cho thấy có sự tương đồng 98% giữa hai trình tự này. Như vậy, sản phẩm PCR này có thể sử dụng để chuyển vào vector tách dòng. 3.1.4.2 Kết quả biến nạp vector Sản phẩm PCR ở trên được tinh sạch (thôi gel), sau đó được chèn vào vector pUC19, sau đó hóa biến nạp vào vi khuẩn E. coli chủng DH5α™-T1R và nuôi cấy chọn lọc trên môi trường LB chứa kanamycin. Hình 3.14. Plasmid tái tổ hợp mang gen 18S rRNA của giun lươn đường ruột. 70 Theo dõi khuẩn lạc mọc, lựa chọn khuẩn lạc trắng mọc riêng rẽ trên đĩa để xác định khả năng chứa plasmid tái tổ hợp. Thu nhận các khuẩn lạc mọc được trên đĩa môi trường có bổ sung kháng sinh chọn lọc kanamycin nồng độ cuối cùng là 50 µg/ml để tách DNA plasmid. Nhân kiểm tra plasmid bằng phản ứng PCR với cặp mồi M13 và giải trình tự, so sánh với ngân hàng gen có tỷ lệ tương đồng 98% chứng tỏ đoạn gen đích đã được chèn thành công. Đoạn trình tự bảo tồn trên gen 18S rRNA của giun lươn đường ruột có kích thước 596 bp được chèn vào vector pUC19 và nhân dòng. Kết quả chúng tôi thu được Plasmid tái tổ hợp mang đoạn gen 18S rRNA đặc trưng cho giun lươn đường ruột có kích thước 3282bp. Lượng Plasmid thu hồi là 5µg và hòa tan trong 50µL để thu được nồng độ 100ng/µL, tương đương với 2,82x1010 copies/µL. 3.1.5 Kết quả chế tạo bộ kit LAMP chẩn đoán nhiễm S. stercoralis Chúng tôi đã chế tạo kit và đóng gói với số lượng là 2000 test ở quy mô phòng thí nghiệm để phục vụ cho hoạt động thử nghiệm và kiểm định. Bộ kit được đóng gói 50 phản ứng/bộ gồm: Tờ hướng dẫn sử dụng của bộ kit (Phụ lục 2) và 6 ống hóa chất với thành phần và số lượng cụ thể theo bảng sau 71 Bảng 3.9 Thành phần của bộ kít Số TT Thành phần (Dung dịch) Thể tích (50 phản ứng) Số lượng (ống) 01 WT – 01 800 µL 01 02 STE-MM – 02 650 µL 01 03 STE-PM – 03 130 µL 01 04 Bst-Taq – 04 52 µL 01 05 MG – 05 50 µL 01 06 STE-PC – 06 102 µL 01 Ngoài hộp của bộ kit có nhãn với đầy đủ thông tin về lô sản xuất, ngày hết hạn, điều kiện bảo quản, nơi sản xuất. Hình 3.15 Hình ảnh bộ kit LAMP chẩn đoán giun lươn đường ruột. 72 HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG VÀ BẢO QUẢN BỘ KIT LAMP CHẨN ĐOÁN GIUN LƯƠN Strongyloises stercoralis. Nội dung của tờ hướng dẫn gồm những điểm chính sau: - Giới thiệu + Nêu nguyên tắc của phương pháp LAMP chẩn đoán giun lươn đường ruột: Bộ Kít này dùng để phát hiện Strongyloides stercoralis bằng kỹ thuật khuếch đại đẳng nhiệt mạch vòng trung gian (LAMP - Loop Isothermal Median Amplification). Bộ Kit bao gồm các thành phần cơ bản của một phản ứng LAMP, sử dụng các cặp mồi đặc hiệu được thiết kế trên vùng gen 18S rRNA của S. stercoralis để phát hiện loài này một cách chính xác với độ nhạy cao. + Nền mẫu sử dụng của bộ kit là ADN tách chiết từ mẫu mô, mẫu phân hoặc mẫu nước tiểu. - Thành phần và quy cách đóng gói Nêu rõ cách đóng gói của bộ kit là 50 phản ứng/hộp và bộ kit gồm 6 hộp hóa chất được trình bày rõ về tên và số lượng tóm tắt trong một bảng - Hướng dẫn sử dụng: Bao gồm 4 tiểu mục nhỏ + Chuẩn bị phản ứng LAMP: Nêu rõ các bước tiến hành phản ứng LAMP + Điều kiện phản ứng LAMP: Nêu rõ điều kiện nhiệt và thời gian của phản ứng LAMP. + Phiên giải kết quả: Nêu rõ cách đọc kết quả của bộ kit. + Các tình huống phát sinh và cách xử lý: Nêu rõ các tình huống có thể xảy ra trong quá trình sử dụng bộ kit và cách xử lý. - Độ nhạy, độ đặc hiệu: Nêu rõ độ nhạy, độ đặc hiệu và ngưỡng phát hiện của bộ kit. Số lượng mẫu đã được sử dụng để đánh giá các chỉ số trên. 73 - Một số lưu ý: Nêu rõ một số điểm cần chú ý để đảm bảo sử dụng bộ kit hiệu quả và đảm bảo độ tin cậy kết quả. - Điều kiện bảo quản: Nêu rõ điều kiện bảo quản của bộ kit -200C ±5 - Hạn dùng: Nêu rõ hạn dùng của bộ kit là 1 năm kể từ ngày sản xuất khi dung dịch chưa mở nắp và 06 tháng sau khi mở nắp. - Nơi sản xuất: Nêu rõ bộ kit là sản phẩm của đề tài cấp nhà nước với mã số KC10.16/16-20 và được sản xuất thử nghiệm tại Viện sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Trung ương - Tài liệu tham khảo: Nêu rõ các tài liệu tham khảo chính về nguyên lý của kỹ thuật LAMP dùng để chẩn đoán giun lươn Strongyloides stercoralis. 3.2 Đánh giá độ nhạy, độ đặc hiệu, tính ổn định của bộ kit tại phòng thí nghiệm và thực địa 3.2.1 Đánh giá độ nhạy, độ đặc hiệu của bộ kit LAMP tại phòng thí nghiệm Tiến hành đánh giá độ nhạy độ đặc hiệu trên 132 mẫu phân thu thập tại tỉnh Long An và các mẫu thu từ ĐHYK Phạm Ngọc Thạch năm 2018. Bảng 3.10 Tóm lược kết quả xét nghiệm mẫu phân chẩn đoán GLĐR bằng các phương pháp soi phân trực tiếp và real-time PCR Soi phân trực tiếp Real-time PCR (+) (-) Dương tính 32 0 Âm tính 0 100 Tổng 32 100 Xét nghiệm 132 mẫu phân thu thập tại tỉnh Long An và thu từ ĐHYK 74 Phạm Ngọc Thạch năm 2018 bằng các phương pháp soi phân trực tiếp, real- time PCR cho kết quả như nhau gồm 32 mẫu dương tính và 100 mẫu âm tính (bảng 3.10 và phụ lục 3) Bảng 3.11 Tóm lược kết quả xét nghiệm mẫu phân chẩn đoán GLĐR bằng các phương pháp soi phân trực tiếp và LAMP. Soi phân trực tiếp LAMP (+) (-) Dương tính 31 1 Âm tính 3 97 Tổng 34 98 Xét nghiệm chẩn đoán GLĐR 132 mẫu phân trên bằng phương pháp LAMP thì có kết quả là có 34 mẫu dương tính và 98 mẫu âm tính (bảng 3.11 và phụ lục 3) Hình 3.16 Kết quả real-time PCR 75 Bảng 3.12 Kết quả độ nhạy, độ đặc hiệu của bộ kit LAMP chẩn đoán giun lươn đường ruột Kết quả kit LAMP Mẫu phân xét nghiệm Strongyloides stercoralis đã được xác định bằng qPCR Tổng Dương tính Âm tính Dương tính 31 3 34 Âm tính 1 97 98 Tổng số 32 100 132 Độ nhạy Se: 96,88% (95% CI: 83,78% - 99.92%) Độ đặc hiệu Sp: 97,00% (95% CI: 91,48% - 99,38%) Trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến hành tính toán độ nhạy, độ đặc hiệu của bộ kit LAMP so sánh với phương pháp qPCR làm phương pháp tham chiếu (chuẩn vàng). Kết quả ở bảng 3.12 thể hiện độ nhạy, độ đặc hiệu của bộ kit LAMP chẩn đoán GLĐR lần lượt là 96,88% và 97%. Như vậy bộ kit LAMP chẩn đoán GLĐR có độ nhạy, độ đặc hiệu cao, đáp ứng yêu cầu đối với một bộ kit xét nghiệm chẩn đoán. 3.2.2 Điều kiện bảo quản và độ ổn định của bộ kit LAMP chẩn đoán giun lươn đường ruột Bộ kit đóng gói vào tháng 1/2019 và được bảo quản ở nhiệt độ -200C ± 50C. Các mẫu sử dụng để đánh giá là 3 mẫu chuẩn dương ở nồng độ 10- 6ng/µL, 10-7ng/µL và 10-8ng/µL (tương ứng với ống 1, 2, 3); 2 mẫu bệnh dương tính (tương ứng với ống 4, 5); 2 mẫu âm tính (tương ứng với ống 6, 7). 76 Các thí nghiệm được tiến hành lặp lại mỗi tháng 1 lần, 3 tháng một lần và sau 12 tháng ở các điều kiện bảo quản 2-80C và - 200C ± 50C sau khi mở nắp bộ kit. Bảng 3.13 Kết quả khảo sát độ ổn định của bộ Kit sau 6 tháng bảo quản Nồng độ (ng/µL) Điều kiện bảo quản 2-80C sau mở nắp 1/2019 2/2019 3/2019 4/2019 5/2019 6/2019 10-6 (+) (+) (+) (+) (+) (+) 10-7 (+) (+) (+) (+) (+) (+) 10-8 (+) (+) (+) (+) (+) (+) Mẫu dương 1 (5,1 x 10-6) (+) (+) (+) (+) (+) (+) Mẫu dương 2 (4,2 x 10-7) (+) (+) (+) (+) (+) (+) Neg 1 (-) (-) (-) (-) (-) (-) Neg 2 (-) (-) (-) (-) (-) (-) Như vậy, bộ kit vẫn hoạt động ổn định sau 6 tháng mở nắp sử dụng. 77 Hình 3.17A. Kết quả khảo sát tính ổn định của bộ kit sau 1 tháng bảo quản quan sát dựa vào chỉ thị màu. Hình 3.17B. Kết quả khảo sát tính ổn định của bộ kit sau 6 tháng bảo quản quan sát dựa vào chỉ thị màu. Hình 3.18 Hình ảnh điện di sản phẩm LAMP sau 1 tháng và 6 tháng bảo quản Làn 1-7: sản phẩm LAMP sau 1 tháng bảo quản. Làn 9-15: sản phẩm LAMP sau 6 tháng bảo quản. Hình ảnh của chất chỉ màu và điện di sản phẩm cũng cho thấy bộ kit vẫn hoạt động ổn định sau 6 tháng mở nắp sử dụng 78 Bảng 3.14 Kết quả khảo sát độ ổn định sau 4 lần làm tan và đông đá. Nồng độ (ng/µL) Điều kiện bảo quản - 200C ± 50C sau khi mở nắp 2/2019 5/2019 8/2019 12/2019 10-6 (+) (+) (+) (+) 10-7 (+) (+) (+) (+) 10-8 (+) (+) (+) (-) Mẫu dương 1 (+) (+) (+) (-) Mẫu dương 2 (+) (+) (+) (-) Neg 1 (-) (-) (-) (-) Neg 2 (-) (-) (-) (-) Bộ kit không còn ổn định khi tiến hành làm tan và đông đá trở lại ở lần thứ 4. 79 Bảng 3.15 Kết quả khảo sát độ ổn định của bộ Kit sau 12 tháng bảo quản. Nồng độ (ng/µL) Điều kiện bảo quản - 200C ± 50C Lần 1: tháng 1/
File đính kèm:
- nghien_cuu_che_tao_bo_kit_lamp_chan_doan_nhiem_giun_luon_duo.pdf
- TOM TAT LUAN AN TV.pdf
- TOM TAT LUAN AN TA.pdf
- Thong tin LA dua len mang TV.pdf
- Thong tin LA dua len mang TA.pdf