Luận án Nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu trình tự gen để nhận diện nhanh và xác định mức độ đa dạng của nhóm Lan Dendrobium khu vực phía Nam

hiện tại 1 
nucleotide hoặc 1 đoạn ngắn nên không thể tạo thành nhánh riêng trên cây phát sinh. 
Tuy nhiên, các đột biến trên lại mang lại thông tin rất hữu ích trong việc phân định 
loài. 
 Phương pháp “Best Match/ Best Close Match” dựa trên so sánh khoảng cách 
di truyền của các trình tự được phân tích. Sự khác biệt giữa “Best Close Match” và 
“Best Match” là giá trị Threshold (giá trị ngưỡng). Giá trị ngưỡng (%) được tính dựa 
trên tất cả các intra-distance (khoảng cách di truyền cùng loài), để xác định mức độ 
tương đồng của các trình tự và những trình tự không thỏa giá trị này (No match) sẽ 
bị xóa trước khi được xác định. Những trình tự đạt giá trị intra là giá trị bé nhất khi 
so với trình tự cùng loài được xếp vào Correct (xác định được). Nếu giá trị intra này 
cũng xuất hiện khi so sánh với các trình tự khác loài được xếp vào Ambiguous (mơ 
hồ). Khi một trình tự có giá trị intra lớn hơn inter được xếp vào Incorrect (không xác 
định được) [70]. 
65 
Hình 2.9 Giao diện phần mềm Speciesidentifier 
66 
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 
3.1 Mô tả và xây dựng cây phân nhóm dựa trên đặc điểm hình thái các giống lan 
Dendrobium 
3.1.1 Mô tả đặc điểm hình thái sơ bộ các giống lan Dendrobium 
 Mỗi mẫu giống được ghi nhận 72 đặc điểm hình thái. Dendrobium là chi hiện 
đang ghi nhận ngày càng nhiều các giống loài lai được công bố; do đó, tham khảo các 
tiêu chuẩn trong khảo nghiệm DUS và tạo ra các bản mô tả giống từ các đặc điểm 
hình thái là việc làm có ý nghĩa. Dựa vào khảo nghiệm DUS, đề tài ghi nhận các đặc 
điểm hình thái nhằm mục đích sau khi dùng hệ thống mã vạch DNA để xác định được 
tên loài của mẫu cần phân tích, có thể truy xuất thông tin về hình ảnh, các đặc điểm 
hình thái của mẫu đó. 
 Kết quả ghi nhận đặc điểm hình thái được mã hoá ở Phụ lục 3. Một ví dụ cụ 
thể ở mẫu Dendrobium primulinum Linld. có các đặc điểm như: rễ mọc dưới gốc, đa 
thân - thòng, mặt cắt dọc của thân giả có dạng hình elip, mặt cắt ngang của thân giả 
có dạng hình tròn, đốt thân không có rãnh, lá có dạng hình chữ nhật thuôn dài, đỉnh 
lá nhọn, đối xứng, mặt cắt ngang của lá thẳng, lá không xoắn, màu xanh đậm, không 
có sắc tố anthocyanin, phát hoa dạng chùm, cuống hoa nửa rủ xuống, cuống hoa 
không có sắc tố anthocyanin, hoa đơn, cánh hoa trải ngang, hoa không có hương thơm 
hoặc chỉ thơm thoang thoảng, lá đài lưng hình chữ nhật, hơi cong theo chiều dọc cánh 
đài lưng, đỉnh lá đài lưng có dạng tù, rìa của lá đài lưng không có hoặc có sự uống 
cong trở lại rất yếu, không có hoặc có rất ít sự gợn sóng, lá đài bên có dạng hình chữ 
nhật, trục dọc của lá đài bên hơi cong, đỉnh lá đài bên nhọn, rìa của lá đài bên không 
có hoặc có sự uốn cong rất yếu, ngoài rìa lá đài bên không có hoặc rất ít sự gấp nếp, 
đài hoa có hai màu, không có vệt đốm, vết sọc trên lá đài, không có vết đốm, vết sọc 
trên tràng hoa, tràng hoa có dạng thuôn chữ nhật, đỉnh tràng hoa chưa có dạng cụt, 
rìa tràng hoa không có hoặc có sự gấp nếp rất yếu tràng hoa có hai màu, môi hoa ra 
có dạng hình cầu dẹp, trục dọc môi hoa hơi uốn cong, đỉnh của tràng hoa không chia 
thùy, rìa môi hoa không có hoặc có sự uốn cong rất yếu, ngoài rìa cánh môi không có 
67 
hoặc có sự gấp nếp rất yếu, môi hoa có hai màu, có vết đốm, không có vết sọc trên 
môi hoa, lá mặt trên mặt dưới đều có màu xanh, lá đài bên không có lông, thẳng, cánh 
hoa có màu trắng, pha lê, hồng, trà, cánh hoa không có đốm, không có sọc, thẳng, 
không có lông, môi hoa có dạng phiến răng reo, màu trắng, pha lê, hồng, trà, có đốm 
vàng nghệ, môi hoa nhăn, có lông, mép môi hoa có dạng răng reo (có ria, lông), phát 
hoa mọc ở nách lá, thời gian hoa tàn khoảng 2-4 tuần, hoa thơm vào ban ngày, hoa 
nở vào mùa xuân, lá sắp xếp theo kiểu hai hàng so le. 
 Kết quả phân tích đặc điểm hình thái cho thấy, như các nghiên cứu trước đó 
về lan Dendrobium của Phạm Hoàng Hộ, Trần Hợp, Dương Đức Huyến các loài 
trong nghiên cứu cùng thuộc chi lan Dendrobium, nên đều có các đặc điểm hình thái 
như hệ rễ khỏe mọc từ gốc thân hoặc gốc giả hành; đa thân, giả hành phân đốt; lá có 
bề mặt nhẵn, mọc thành hai hàng tập trung ở đỉnh thân, không có cuống lá, phát hoa 
mọc ở nách lá, màu sắc hoa phong phú, hoa có cấu tạo giống nhau: Hoa có 3 cánh đài 
ngoài cùng, một ở phía trên hay sau gọi là đài lưng và 2 cánh đài ở 2 bên là đài bên. 
Cả 3 đều giống nhau về hình dáng và kích thước. Xen kẽ với 3 cánh đài là 3 cánh hoa 
với 2 cánh trên giống với cành đài chỉ có cánh dưới cùng thay đổi thành cánh môi rất 
đa dạng theo các loài. Cánh môi là cái bẫy dụ dỗ và nơi đậu cho côn trùng đến thụ 
phấn. Giữa hoa có cột nhị nhụy với gốc là họng dạng phễu chứa mật. Dù có cấu tạo 
hoa giống nhau, mỗi loài hoa lại có đặc điểm hình dáng, màu sắc đặc trưng riêng, đây 
chính là dấu hiệu chính về hình thái để phân biệt các mẫu nghiên cứu. Bên cạnh đó, 
có một số đặc điểm khác biệt có thể dùng để phân biệt các loài với nhau như hình 
dạng thân, hình dạng lá (Các chỉ tiêu phân loại được thể hiện ở Phụ lục 1) 
 Theo Wilfret và cộng sự (1979), bộ nhiễm sắc thể của Dendrobium thường là 
2n = 38, đôi khi là 2n = 40 và một vài ngoại lệ có thể là 2n = 76 hoặc 2n = 114, một 
số loài có cùng số lượng nhiễm sắc thể nhưng kích thước của các nhiễm sắc thể lại 
có thể rất khác nhau. Nguyên nhân di truyền này có thể là một trong những lý do 
khiến hình thái của nhóm lan này rất đa dạng [104]. 
68 
Giả hạc Hawaii - Dendrobium anosmum Lindl. 
Hoàng thảo chuỗi ngọc – Dendrobium findlayanum E.C.Parish & Rchb.f. 
Hình 3.1 Kết quả giải phẫu và ghi nhận hình ảnh 2 mẫu giống Dendrobium: 
D. anosmum và D. findlayanum 
(thanh ngang = 2cm). Các mẫu còn lại được thể hiện ở Phụ lục 2 
 Từ việc phân tích hình thái, nghiên cứu đã nhận thấy sự nhầm lẫn trong định 
danh mẫu giống Thuỷ tiên vàng (D. thyrsiflorum Lindl.), được điều chỉnh thành Thuỷ 
tiên hoàng lạp (D. chrysotoxum Lindl.). Hoàng thảo Thủy tiên là nhóm lan 
Dendrobium thuộc tông Kiều (Chrysotoxae) tổ Callista [11]. Ở Việt Nam, lan Thủy 
tiên khá được ưa chuộng do nhóm lan này có các đặc điểm như dễ chăm sóc, phát 
hoa to, màu sắc tươi sáng nổi bật và đặc biệt là một số loài có giá trị trong y học. Tuy 
nhiên, việc nhận diện, phân loại nhóm lan này hiện nay vẫn chưa thực sự thống nhất 
dẫn đến các quan điểm khác nhau về số lượng loài Hoàng thảo Thủy tiên ở Việt Nam. 
Theo Cây cỏ Việt Nam của Phạm Hoàng Hộ, Thủy tiên vàng có hai loài khác nhau là 
Dendrobium thyrsiflorum và Dendrobium farmeri, giữa Dendrobium thyrsiflorum và 
Dendrobium densiflorum lại có nhiều đặc điểm khó phân biệt và vấn đề tương tự cũng 
xảy ra với Dendrobium farmeri (Thủy tiên vàng) và Dendrobium palpebrae (Trâm 
vàng) [12]. Theo Averyanov và cộng sự, Dendrobium thyrsiflorum và Dendrobium 
densiflorum là một loài (Thủy tiên vàng), Thủy tiên trắng có 2 loài là Dendrobium 
farmeri và Dendrobium palpebrae [1]. Cũng có công trình cho rằng đây là 4 loài khác 
69 
nhau Dendrobium densiflorum (Hoàng thảo Thủy Tiên mỡ gà), Dendrobium fameri 
(Hoàng thảo Thủy Tiên Vuông), Dendrobium palpebrae (Hoàng thảo Thủy Tiên 
vàng), Dendrobium thyrsiflorum (Hoàng thảo Thủy tiên cam) [90]. 
3.1.2 Phân nhóm dựa vào đặc điểm hình thái của 40 mẫu lan Dendrobium 
Hình 3.2 Cây phân nhóm dựa trên 72 đặc điểm hình thái của 
40 mẫu giống lan Dendrobium 
 Theo kết quả phân nhóm (Hình 3.2), hai mẫu D. amabile và D. palpebrae tách 
riêng thành một nhóm I do hai loài này có hình dạng lá, các thành phần hoa khá giống 
nhau, tuy nhiên nhóm này lại tách biệt hẳn với nhóm các loài Hoàng thảo thủy tiên 
khác. Trong nghiên cứu có 5 loài Hoàng thảo thủy tiên thuộc nhóm Callista, ngoài 2 
loài kể trên, ba loài còn lại là D. sulcatum, D. densiflorum và D. chrysotoxum có sự 
tương cận nhiều về hình thái nên tách thành một nhánh nhỏ trong nhóm IIA; trong 
đó, D. densiflorum và D. chrysotoxum có mức độ tương đồng về hình thái nhiều hơn 
so với D. sulcatum. 
 Nhóm II được tách thành 2 nhóm nhỏ hơn là IIA và IIB. Nhóm IIA có 17 đại 
diện thì chỉ có 1 mẫu D. hemcoglossum có dạng thân thòng; trong khi nhóm IIB có 
70 
21 đại diện thì có tới 10 mẫu có dạng thân thòng (5 mẫu giả hạc, hạc vỹ, đại ý thảo, 
trầm rừng, long tu và long tu đá). 
 D. anosmum (7,8,9,10), D. aphyllum (11,12) và D. parishii (28) có sự tương 
đồng nhiều về hình thái, có mối quan hệ tiến hóa gần gũi và loài lai được hình thành 
từ D. anosmum và D. aphyllum được xếp chung thành một nhóm. Tuy nhiên, cây lai 
Hoàng thảo trầm hồng (D. anosmum x D. parishii) lại tách riêng và thuộc về một 
nhóm khác chung với D. hercoglossum, D. heterocarpum và D. venustum. 
 Long tu (D. primulinum) và long tu đá (D. crepidatum) cũng có sự tương đồng 
nhiều về hình thái nên tách riêng thành 1 nhánh nhỏ trong nhóm IIB. 
 Mẫu Thái bình lai (D. Gaston sunray) có nguồn gốc là cây lai giữa 
(D. pulchellum x D. chrysotoxum) và D. pulchellum, nhưng trên cây phân nhóm hình 
thái, mẫu Thái bình lai ở nhóm IIA, cùng với D. chrysotoxum, còn D. pulchellum 
thuộc nhóm IIB. 
 Các mẫu nghiên cứu thuộc nhiều nhóm khác nhau theo báo cáo của Trần Hợp, 
Phạm Hoàng Hộ, Dương Đức Huyến Tuy nhiên, với các đặc điểm hình thái được 
chọn để mô tả, phân tích, các loài thuộc cùng nhóm không thấy có sự tách biệt rõ 
ràng. Ví dụ ở nhánh IIB có 21 mẫu giống thì theo Phạm Hoàng Hộ có 16 mẫu thuộc 
nhóm Dendrobium, 2 mẫu D. secundum và D. intricatum thuộc nhóm Pedilorum, 
mẫu D. aduncum thuộc nhóm Breviflores. 
 Tóm lại, cây phân nhóm dựa trên 72 đặc điểm hình thái phần nào thể hiện được 
mối quan hệ di truyền của 40 mẫu giống Dendrobium trong nghiên cứu. Bên cạnh đó, 
một số loài có hình thái giống nhau, mối quan hệ gần gũi nhưng kết quả thể hiện trên 
cây phân nhóm chưa phản ánh được điều này. Các đặc điểm hình thái được mô tả, 
hình ảnh của 40 mẫu giống Dendrobium có thể dùng để nhận diện các mẫu giống, 
đặc biệt là các mẫu giống thu được có hoa. Phương pháp phân tích đặc điểm hình thái 
một lần nữa cho thấy giá trị trong việc định danh các loài. 
 Kết quả mô tả và phân nhóm các mẫu giống Dendrobium dựa trên đặc điểm 
hình thái trong nghiên cứu là nguồn dữ liệu hình thái đồng bộ có thể bổ sung cho: 
71 
 Một số trang web về Lan trên thế giới cung cấp thông tin về tên khoa học, 
đồng danh, một số đặc điểm hình thái, sinh thái Ở các web này, hình ảnh có thể 
thiếu hoàn toàn hoặc mỗi loài có 1-3 hình ảnh đại diện, các hình ảnh còn chưa đồng 
bộ về phông nền và chưa có tỉ lệ xích. 
 Các trang web về lan tại Việt Nam đa số là các hội chơi, mua bán và trao đổi 
lan. Các web này cũng đăng tải nhiều thông tin hữu ích về tên gọi, mô tả đặc điểm 
chung, phân bố, cách chăm sóc, Về mặt hình ảnh, các web thường đăng tải các 
hình ảnh thực tế cả cây, phát hoa, các hình ảnh này thường thiếu tỉ lệ xích. Web trung 
tâm dữ liệu thực vật Việt Nam có chuyên mục cho từng loài thuộc chi Dendrobium, 
tuy nhiên đại đa số là thông tin về vị trí phân loại, tên Việt Nam, tên khoa học, đồng 
danh (nếu có), một số ít có hình ảnh minh họa (hình chụp thực tế cả cây hoặc phát 
hoa, thiếu tỉ lệ xích), rất ít đại diện được mô tả đầy đủ về hình thái, khu phân bố 
Nếu có, các thông tin mô tả này được thể hiện bằng tiếng Anh, hình ảnh minh họa 
cho nhóm này rất đẹp và đầy đủ. Một số web còn sai sót khi cho rằng Dendrobium là 
loài. Nhìn chung, chất lượng và độ tin cậy của các web này chưa cao. 
 Sách chuyên khảo về lan và nhóm giáo trình về phân loại học thực vật tại Việt 
Nam hiện nay không nhiều. Các tài liệu này đa số tiến hành phân loại sau đó mô tả 
hình thái, minh họa bằng hình vẽ đẹp, sắc nét, tuy nhiên chưa đồng bộ như có những 
đại diện thì có hình vẽ toàn cây, 1 hoa, giải phẫu hoa thậm chí hoa đồ với tỉ lệ xích rõ 
ràng nhưng cũng có những đại diện chỉ có hình vẽ tổng thể 1 cây và thiếu tỉ lệ xích; 
các hình chụp thực tế chất lượng còn chưa cao và nhiều tác phẩm thiếu hẳn kênh minh 
họa này. Tác phẩm “The Orchid of Vietnam Illustrated Survey” cũng chỉ cung cấp 
hình chụp minh họa đầy đủ cho một số rất ít các đại diện. 
 Các sách tham khảo cung cấp thông tin về cách nuôi trồng, chăm sóc lan 
được xuất bản khá nhiều. Các sách này không cung cấp nhiều thông tin về từng loài 
cụ thể, thuật ngữ sử dụng còn chưa chính xác, nhiều tác giả cho rằng Dendrobium là 
1 loài, thậm chí 1 họ. Hình ảnh đẹp, tuy nhiên không phải là hình ảnh khoa học, chỉ 
có một số hình đại diện, không đồng bộ cho tất cả các loài, không có tỉ lệ xích ví dụ 
72 
như cuốn Trồng và chăm sóc hoa Lan, có hình minh họa hoa cắt ngang cho 4 chi 
trong họ Lan nhưng không có đại diện của Dendrobium. 
3.2 Xây dựng cơ sở dữ liệu mã vạch DNA cho 25 loài Dendrobium trong nghiên 
cứu 
 3.2.1 Kết quả khuếch đại các vùng trình tự 
 DNA tổng số của 71 mẫu lá được sử dụng làm khuôn để khuếch đại các vùng: 
ITS, matK, trnH-psbA, rbcL bằng các cặp mồi tương ứng (Bảng 2.4). Sản phẩm PCR 
được kiểm tra bằng phương pháp điện di trên gel agarose 0,8 % (100V trong 40 phút). 
Kết quả cho thấy, phần lớn các băng sáng, rõ (Hình 3.3 – 3.6). Không có hiện tượng 
đa băng xảy ra cho thấy các cặp mồi đã bắt cặp đặc hiệu với vùng trình tự tương ứng. 
Bảng 3.1 Thống kê kết quả tỉ lệ thực hiện thành công phản ứng PCR khuếch đại 
các vùng trình tự nghiên cứu 
Trình tự PCR Tỉ lệ PCR thành công (%) 
rbcL 36/36 100 
 matK 69/71 97,18 
trnH-psbA 58/71 81,69 
ITS 71/71 100 
Hình 3.3 Kết quả PCR khuếch đại vùng rbcL với cặp mồi aF/aR 
M: thang DNA, 1: D. amabile (Lour.) O’Brien, 2: D. signatum Rchb. f. 1884 
73 
Với cặp mồi aF/aR, khuếch đại thành công trình tự vùng rbcL bằng kỹ thuật 
PCR. Kết quả sản phẩm PCR thu được có chất lượng tốt với một băng rõ duy nhất 
cho mỗi mẫu giống lan Dendrobium trên gel agarose sau khi điện di (Hình 3.3). Các 
băng nằm ở vị trí khoảng 600 bp. Các băng sản phẩm rõ, đúng kích thước nên có thể 
sử dụng giải trình tự. Với trình tự rbcL, nghiên cứu đã khuếch đại được 36/36 mẫu 
(chiếm tỉ lệ 100 %). 
Hình 3.4 Kết quả PCR khuếch đại vùng matK với cặp mồi matK390F/ 1326R. 
M: thang DNA, 1: D. amabile (Lour.) O’Brien, 2: D. signatum Rchb. f. 1884 
 Với cặp mồi matK390F/ 1326R, nghiên cứu đã khuếch đại thành công trình tự 
vùng matK bằng kỹ thuật PCR. Kết quả sản phẩm PCR thu được có chất lượng tốt 
với một băng rõ duy nhất cho mỗi mẫu giống lan Dendrobium trên gel agarose sau 
khi điện di (Hình 3.4). Các băng nằm ở vị trí khoảng 900 - 1000 bp, kích thước vùng 
matK được khuếch đại là phù hợp. Kết quả này cũng tương ứng với các kết quả nghiên 
cứu của các tác giả khác khi khuếch đại vùng matK trên cây lan Hoàng Thảo 
[86;89;111]. Với trình tự matK, nghiên cứu đã khuếch đại được 69/71 mẫu (chiếm tỉ 
lệ 97,18 %), kết quả này cũng tương tự với nghiên cứu của Xu và cộng sự (97,42 %) 
[111]. Các băng sản phẩm rõ, đúng kích thước nên có thể sử dụng giải trình tự. 
74 
Hình 3.5 Kết quả PCR khuếch đại vùng trnH-psbA với cặp mồi 
trnH-psbA F/ trnH-psbA R 
M: thang DNA, 1: D. amabile (Lour.) O’Brien, 2: D. signatum Rchb. f. 1884 
 Với cặp mồi trnH-psbA F/ trnH-psbA R, nghiên cứu đã khuếch đại thành công 
trình tự vùng trnH-psbA bằng kỹ thuật PCR. Kết quả sản phẩm PCR thu được có chất 
lượng tốt với một băng rõ duy nhất cho mỗi mẫu giống lan Dendrobium trên gel 
agarose sau khi điện di (Hình 3.5). Các băng nằm ở vị trí khoảng 900 - 1000 bp. Các 
công trình nghiên cứu khuếch đại vùng trình tự này còn hạn chế. Singh (2012) đã báo 
cáo là chưa khuếch đại được vùng trình tự này trên đối tượng Dendrobium [86]. Xu 
và cộng sự (2015) cho kết quả nghiên cứu khuếch đại trình tự vùng trnH-psbA với 
chiều dài 1460bp và tỷ lệ khuếch đại thành công là 49,68% [86;111]. Với trình tự 
trnH-psbA, nghiên cứu này đã khuếch đại được 58/71 mẫu (chiếm tỉ lệ 81,69%).Các 
băng sản phẩm rõ, đúng kích thước nên có thể sử dụng giải trình tự. 
Hình 3.6 Kết quả PCR khuếch đại vùng ITS với cặp mồi ITS1F/ITS4R. 
M: thang DNA, 1: D. amabile (Lour.) O’Brien, 2: D. signatum Rchb. f. 1884 
75 
 Với cặp mồi ITS1F/ 4R, nghiên cứu đã khuếch đại thành công trình tự vùng 
ITS bằng kỹ thuật PCR. Kết quả sản phẩm PCR thu được có chất lượng tốt với một 
băng rõ duy nhất cho mỗi mẫu giống lan Dendrobium trên gel agarose sau khi điện 
di (Hình 3.6). Các băng nằm ở vị trí khoảng 700 - 800 bp. Như vậy, kích thước vùng 
ITS được khuếch đại là phù hợp. Kết quả này cũng khá tương đồng với các kết quả 
nghiên cứu của các tác giả khác khi khuếch đại vùng ITS trên đối tượng lan Hoàng 
Thảo. Theo Chiang và cộng sự (2012) chiều dài của vùng ITS khuếch đại được có 
kích thước khoảng 750 bp, Xu và cộng sự (2015) cũng báo cáo kêt quả sản phẩm 
khuếch đại vùng ITS cho chiều dài 857 bp; nghiên cứu của Chattopadhyay (2017) 
cho thấy chiều dài vùng ITS là 753 bp [35;38;111]. Các nghiên cứu này khuếch đại 
được các vùng ITS với chiều dài hơi chênh lệch được giải thích là do sử dụng các cặp 
mồi khác nhau. 
Với trình tự vùng ITS, nghiên cứu đã khuếch đại được 71/71 mẫu (chiếm tỉ lệ 100 
%). Kết quả này cũng tương đồng với kết quả trong nghiên cứu của , Xu và cộng sự 
(2015), Liu và cộng sự (2019) [67;111]. Các băng sản phẩm rõ, đúng kích thước nên 
có thể sử dụng giải trình tự. 
 Bảng 3.2 Kết quả khuếch đại các vùng trình tự trong nghiên cứu 
Kí hiệu 
mẫu 
rbcL matK trnH-psbA ITS 
1DT + + ― + 
1DT2 + + + + 
1PN O + + + 
2DT + + + + 
2PN + + + + 
2TT + + + + 
3TT + + + + 
3DT O + + + 
5DT + + + + 
6TT + + + + 
6DT O + + + 
6PN O + + + 
10TT O ― ― + 
10DT + + + + 
76 
10DT2 + + ― + 
10PN + + + + 
11TT + + + + 
11DT O + + + 
11DT2 O + ― + 
12TT + + + + 
12DT O + ― + 
12PN O + + + 
13TT + + + + 
13DT2 O + + + 
13PN O + ― + 
14DT O + + + 
14DT2 + + ― + 
14PN O + + + 
15TT + ― + + 
15DT O + + + 
15PN O + + + 
17TT + + + + 
17DT O + ― + 
18TT + + + + 
18DT O + ― + 
18PN O + ― + 
20TT O + + + 
20DT + + ― + 
20DT2 O + + + 
21TT + + + + 
21DT O + + + 
21PN O + + + 
22TT + + + + 
22DT O + + + 
22DT2 O + + + 
24TT + + + + 
26TT + + + + 
26DT O + + + 
26L O + + + 
27TT + + + + 
27DT O + + + 
28DT O + + + 
28PN O + + + 
28TT + + + + 
29TT + + + + 
30TT + + + + 
77 
30DT O + + + 
30PN O + + + 
32TT + + + + 
33TT + + + + 
34TT + + + + 
34PN O + + + 
35TT + + ― + 
35DT + + + + 
35PN + + + + 
36TT + + + + 
36DT O + ― + 
37TT + + + + 
37DT O + + + 
37PN O + + + 
38R-DT + + + + 
+: lên 1 band; ―: không lên band; O: không tiến hành khuếch đại 
 3.2.2 Phân tích và thiết lập cơ sở dữ liệu trình tự DNA cho một số giống lan 
Dendrobium 
 Tỷ lệ giải trình tự thành công ở tất cả các vùng trình tự có kết quả PCR thành 
công là 100%. Sau khi được hiệu chỉnh và xác định mức độ tương đồng bằng BLAST 
với cơ sở dữ liệu NCBI, tất cả các trình tự được đăng ký trên Genbank (Bảng Phụ 
lục 4) nhằm góp phần làm đa dạng bộ dữ liệu của lan Dendrobium. 
Bảng 3.3 Thống kê kết quả giải trình tự của các vùng trong nghiên cứu 
Trình tự Giải trình tự Tỉ lệ giải trình tự thành công (%) 
rbcL 36/36 100,00 
 matK 69/69 100,00 
trnH-psbA 58/58 100,00 
ITS 71/71 100,00 
 Kết quả BLAST trên Genbank (Phụ lục 4) cho thấy mức độ bao phủ, mức độ 
tương đồng của trình tự nghiên cứu và trình tự tham khảo giữa các trình tự DNA được 
khuếch đại cũng khác nhau rbcL (100%, 97,8 - 100%), matK (100%, 98,2 - 100%), 
trnH-psbA (99 - 100%, 96,77 - 100%), ITS (99 - 100%, 96,39 - 100%). Đại đa số kết 
78 
quả đầu tiên của quá trình BLAST đều là các trình tự của Dendrobium, với giá trị độ 
bao phủ, giá trị độ tương đồng cao. Điều này cho thấy mẫu thu thập là đáng tin cậy, 
mẫu không bị lẫn tạp các mẫu khác, quá trình bảo quản mẫu tốt, đạt độ tin cậy cao. 
 Trong tất cả các mẫu được BLAST, chỉ có các mẫu thuộc loài Trường sơn (D. 
venustum) cho kết quả BLAST tương đồng với trình tự rbcL của 1 loài thuộc chi 
Bulbophylum. Kết quả này có thể được giải thích do trình tự vùng rbcL có độ bảo tồn 
cao. 
Hình 3.7 Kết quả so sánh trình tự vùng rbcL của mẫu 26TT (D. venustum) 
với cơ sở dữ liệu GenBank 
 Đối với vùng rbcL, nghiên cứu này cũng đóng góp cho ngân hàng dữ li