Luận án Tổng hợp vật liệu nano đa chức năng trên nền chitosan oligosaccharide và ứng dụng

 Cấp 3: Từ 1/4 đến 1/2 diện tích bẹ lá bị bệnh; 
- Cấp 5: Từ 1/4 đến 1/2 diện tích bẹ lá, cộng lá thứ 3, 4 bị bệnh nhẹ; 
- Cấp 7: > 1/2 đến 3/4 diện tích bẹ lá và lá phía trên bị bệnh; 
- Cấp 9: Vết bệnh leo tới đỉnh cây lúa, các lá nhiễm nặng, một số cây 
chết. 
II. Khả năng kích thích sinh trƣởng, phát triển cây lúa 
 Khả năng kích thích sinh trƣởng phát triển cây lúa của các vật liệu nano đƣợc 
đánh giá qua các chỉ tiêu sau: 
1. Chiều cao cây: đƣợc tính từ mặt đất đến đỉnh lá dài nhất (giai đoạn đẻ nhánh) 
hoặc đến đỉnh bông vào các giai đoạn chín sữa, vào chắc, chín. 
2. Khả năng đẻ nhánh: liên quan đến số nhánh điều tra, số nhánh hữu hiệu, số 
bông/m
2, đây cũng là một trong những điều kiện quyết định đến năng suất của 
giống. Cây lúa càng nhiều nhánh, tỉ lệ nhánh hữu hiệu cao thì cho năng suất càng 
cao. 
 Số nhánh hữu hiệu là những nhánh có mang bông lúa. 
 Tỷ lệ nhánh hữu hiệu là phần trăm của nhánh hữu hiệu so với tổng số 
nhánh điều tra. 
 Tỷ lệ nhánh hữu hiệu (%) = 
 x 100 (2.4) 
3. Các yếu tố cấu thành năng suất và năng suất lúa 
a. Số bông/m2: 
Số bông/m2 là yếu tố quyết định đến 74% năng suất, số bông/m2 đƣợc quyết 
định bởi số nhánh hữu hiệu nên đẻ nhánh là thời kỳ ảnh hƣởng nhiều nhất đến việc 
hình thành số bông. 
b. Số hạt chắc/bông: 
52 
Hạt chắc/bông là chỉ tiêu quan trọng ảnh hƣởng lớn đến năng suất của giống 
lúa. 
c. Năng suất 
Năng suất lúa phản ánh đầy đủ nhất quá trình sinh trƣởng và phát triển của 
một giống lúa. Năng suất lúa đƣợc tạo thành từ các yếu tố cấu thành năng suất bao 
gồm số bông/m2, tổng số hạt/bông, số hạt chắc/bông và khối lƣợng 1000 hạt. 
- Năng suất lý thuyết (tạ/ha): 
 Trên mỗi ô thí nghiệm gặt ngẫu nhiên 5 điểm, mỗi điểm có diện tích (40 
cm x 50 cm). 
 • Đếm tổng số bông có trên 5 điểm đó. 
 • Chọn ngẫu nhiên 10 bông, tách toàn bộ hạt ra khỏi bông, xác định số hạt 
chắc và hạt lép trên mỗi bông. 
 • Phơi khô, xác định khối lƣợng 1000 hạt chắc. 
 • Năng suất lý thuyết (NSLT) đƣợc xác định theo công thức: 
NSLT (tạ/ha) = 
 (2.5) 
trong đó: P1000 hạt là khối lƣợng của 1000 hạt, đơn vị gam. 
- Năng suất thực tế (tạ/ha): Cân khối lƣợng thực thu sau khi phơi khô, quạt 
sạch đem cân lấy khối lƣợng, đơn vị g/m2, quy ra năng suất tạ/ha. 
4. Đánh giá mức độ độc của chế phẩm nano đến cây lúa 
Theo quy chuẩn khảo nghiệm thuốc trừ bệnh của Bộ nông nghiệp và phát 
triển nông thôn, phân chia bảng phân cấp mức độ độc của thuốc khảo nghiệm và 
triệu chứng gây hại hay kích thích đối với cây trồng nhƣ sau: 
- Cấp 1: không gây hại hay kích thích 
- Cấp 2: có triệu chứng nhẹ, khó nhận biết 
- Cấp 3: có triệu chứng nhẹ nhƣng dễ nhận biết. 
- Cấp 4: có triệu chứng mạnh hơn nhƣng chƣa ảnh hƣởng đến năng suất. 
53 
- Cấp 5: có triệu chứng rõ rệt bắt đầu ảnh hƣởng đến năng suất 
- Cấp 6, 7, 8, 9: triệu chứng biểu hiện tăng dần và nặng hơn ảnh hƣởng đến 
năng suất cũng rõ hơn. 
Mỗi công thức thí nghiệm ứng với mỗi loại vật liệu nano khác nhau đƣợc 
thực hiện với ba nồng độ 50, 70, 100 ppm. Mỗi thí nghiệm đƣợc bố trí nhắc lại năm 
lần. Các số liệu thu thập đƣợc phân tích phƣơng sai một nhân tố và sai khác giữa 
các nghiệm thức đƣợc xử lý bằng phần mềm Microsoft Office Excel 2013 và phần 
mềm Statistic 10.0. Các thông số đƣợc so sánh bằng cách sử dụng sai biệt nhỏ nhất 
có ý nghĩa (LSD) ở mức ý nghĩa α = 0,05 (p ≤ 0,05).
2.4. HÓA CHẤT 
Bảng 2.1. Các hóa chất chính sử dụng trong nghiên cứu 
Tên hóa chất Công thức Công ty sản xuất Xuất xứ 
Độ 
tinh 
khiết 
Chitosan Việt Nam 
Alginate Canada 
Carboxymethyl 
Cellulose 
 Trung Quốc 
Hydrogen Peroxide H2O2 Merck Đức 30% 
Lactic acid CH3–CH(OH)–
COOH 
Merck Đức > 
98% 
Ethanol C2H5OH Xilong Scientific Trung Quốc 96º 
Ammonia NH3 Merck Đức 25% 
Chlorhydric acid HCl Xilong Scientific Trung Quốc 37% 
Sodium Hydroxide NaOH Xilong Scientific Trung Quốc PA 
Hydrazine N2H4.H2O Merck Đức 80% 
Copper sulphate CuSO4.5H2O Merck Đức PA 
Silver nitrate AgNO3 Merck Đức PA 
Potato Dextro Agar Merck Đức 
PA (Pro Analysis): hóa chất tinh khiết để phân tích. 
54 
3. Chƣơng 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 
3.1. ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG KHÁNG NẤM GÂY BỆNH TRÊN CÂY 
TRỒNG CỦA CÁC HỆ PHỨC BẰNG KỸ THUẬT MÔ PHỎNG DOCKING 
PHÂN TỬ 
Hoạt tính kháng khuẩn của các hợp chất chứa Ag và Cu bắt nguồn từ khả 
năng giải phóng các ion Ag+ và Cu2+. Cơ chế kháng khuẩn của các nano hay ion kim 
loại chủ yếu dựa vào sự khuếch tán các phân tử kích thƣớc nano hay sự giải phóng 
các ion kim loại từ bề mặt hạt nano để ức chế sự phát triển của vi khuẩn. Nếu so 
sánh về cơ chế kháng khuẩn thì các hệ phức chứa bạc và đồng đều có điểm tƣơng 
đồng. Đó là nguyên tử bạc và đồng hay phân tử chứa bạc và đồng khuếch tán lên 
protein của vi khuẩn, tạo tƣơng tác thông qua các liên kết đặc trƣng. 
3.1.1. Ức chế các nấm gây bệnh khô vằn và đạo ôn trên cây lúa 
Trong luận án này, bƣớc đầu chúng tôi đánh giá khả năng kháng nấm bệnh 
khô vằn và đạo ôn trên cây lúa của các hệ phức AgCl-tetrylene với hai loại thuốc 
bảo vệ thực vật đối chứng là validamycin và tricyclazole làm cơ sở định hƣớng cho 
thực nghiệm trong những nghiên cứu tiếp theo. 
Khả năng ức chế của phức bạc đơn nhân bạc- tetrylene và phức bạc đa nhân 
bis-bạc-tetrylene, gồm Ag-E và bis-Ag-E với E là C và Si lên protein 4G9M (DOI: 
10.2210/pdb4G9M/pdb) của nấm Rhizoctonia solani và protein 6JBR (DOI: 
10.2210/pdb6JBR/pdb) của nấm Magnaporthe oryzae đƣợc nghiên cứu lý thuyết 
bằng cách sử dụng phƣơng pháp mô phỏng docking phân tử. Hai protein này đƣợc 
tham khảo từ Worldwide Protein Data Bank [19]. Hai loại thuốc trừ bệnh thƣơng 
mại đƣợc chọn làm tham chiếu ức chế là validamycin cho 4G9M và tricyclazole cho 
6JBR. Đây là 2 loại thuốc trừ bệnh hóa học đƣợc sử dụng phổ biến ở Việt Nam để 
trị bệnh khô vằn và đạo ôn ở cây lúa. 
55 
3.1.1.1. Các cấu trúc của phức AgCl-tetrylene 
Cấu trúc hình học của phức bạc-tetrylene (Ag-E) và phức bis-bạc-tetrylene 
(bis-Ag-E) trong đó E là C và Si đƣợc tối ƣu hóa bằng cách sử dụng lý thuyết hàm 
mật độ với hàm BP86 và bộ hàm cơ sở def2-SVP với sự hỗ trợ của chƣơng trình 
Gaussian09 [39]. Các cấu trúc và thông số tối ƣu của phức Ag-E và bis-Ag-E đƣợc 
trình bày trên Hình 3.1. 
Hình 3.1. Cấu trúc tối ƣu của phức Ag-E và bis-Ag-E (E là C và Si) ở mức 
lý thyết BP86/def2-SVP 
Hình 3.2. Độ phân cực của phức bạc-tetrylene (Ag-E) và phức bis-bạc-tetrylene (bis-Ag-
E) và so sánh với 2 thuốc đối chứng (validamycin và tricyclazole) 
56 
Các cấu trúc ổn định của Ag-E và bis-Ag-E đƣợc đánh giá dựa trên tính toán 
độ phân cực (Å3) bằng cách sử dụng hệ thống QSARIS với phƣơng pháp Gasteiger-
Marsili [61]. Kết quả đƣợc trình bày trên Hình 3.2. Các giá trị phân cực của Ag-E 
gần nhƣ tƣơng tự nhau (35,7 và 35,8 Å3), thấp hơn giá trị tƣơng ứng của 
validamycin (44,6 Å
3), giá trị phân cực của tricyclazole (20,0 Å3) là thấp nhất. Đáng 
chú ý, phức bis-Ag-C, bis-Ag-Si đều thể hiện giá trị độ phân cực lần lƣợt là 71,3, 
71,7 Å
3
, cao hơn đáng kể so với các phức hợp Ag-E và 2 loại thuốc đối chứng. Hình 
3.2 cũng cho thấy rằng phức Ag-E và bis Ag-E có độ phân cực đáng kể, do đó có 
tác dụng ức chế rõ rệt protein hơn hai loại thuốc trừ bệnh. Trong thực tế, protein - 
một trong những thành phần cơ bản của bất kỳ cá thể sống nào-đƣợc tạo nên từ các 
chuỗi amino acid. Tất cả các amino acid đều là các phân tử phân cực vì chúng chứa 
một nhóm amin cơ bản và nhóm carboxyl acid. Các tác động ức chế của phối tử đối 
với một protein sẽ rõ ràng hơn nếu nó có mức độ phân cực đủ lớn. Do đó, độ phân 
cực có giá trị lớn là một chỉ số quan trọng để đánh giá khả năng ức chế protein 
4G9M và 6JBR của các phối tử. 
3.1.1.2. Mô phỏng docking phân tử của bạc-tetrylene đơn nhân và đa nhân vào 
protein 4G9M trong nấm gây bệnh khô vằn 
Giá trị năng lƣợng điểm docking (DS) và thông số độ lệch căn bậc hai trung 
bình (RMSD) giữa các hợp chất, bao gồm bốn phức tetrylene và validamycin và 
protein 4G9M của R. solani cũng nhƣ một số loại tƣơng tác nhƣ liên kết hydro, liên 
kết ion, khoảng cách tƣơng tác giữa các amino acid, vị trí liên kết và tƣơng tác van 
der Waals đƣợc trình bày ở Hình 3.3 và Bảng 3.1-3.2. Tƣơng tự, Hình 3.4 và Bảng 
3.3-3.4 trình bày kết quả thu đƣợc đối với bốn phức tetrylene và tricyclazole gắn kết 
với protein 6JBR của nấm M. oryzae. Ngoài ra, Hình 3.5 cung cấp hình ảnh minh 
họa mô phỏng 2D và 3D của kết nối 4G9M-validamycin và 6JBR-tricyclazle. 
57 
Hình 3.3. Ức chế protein 4G9M của phức bạc-tetrylene Ag-E và phức bis-bạc-tetrylene 
bis-Ag-E Ag-C, Ag-Si: (A). Cấu trúc của protein 4G9M trong nấm gây bệnh khô vằn; (B) 
[Ag-C]-4G9M, (C) [Ag-Si]-4G9M, (D) [bis-Ag-C]-4G9M, (E) [bis-Ag-Si]-4G9M 
Khả năng ức chế của các phối tử lên protein 4G9M của phức và thuốc 
validamycin đƣợc đánh giá thông qua các giá trị độ lệch căn bậc hai trung bình 
(RMSD), năng lƣợng điểm docking (DS) và các loại tƣơng tác. RMSD luôn nhỏ 
hơn 2 Å và các giá trị DS của bis-Ag-C và bis-Ag-Si tƣơng ứng là −13,7 và −12,7 
kcal.mol
-1. Trong khi đó, tƣơng tác của phức Ag-C và Ag-Si yếu hơn với giá trị DS 
lần lƣợt là −9,6 và −11,9 kcal.mol−1. Trong thực tế, phức bạc-tetrylene có thể tích 
nhỏ hơn, khối lƣợng phân tử và độ phân cực nhỏ hơn, dẫn đến khả năng liên kết 
thấp hơn với amino acid của protein. Giá trị DS của validamycin là −12,3 
kcal.mol
−1, thấp hơn một ít so với các giá trị tƣơng ứng của bis-Ag-E. Tóm lại, các 
hiệu ứng ức chế trên protein 4G9M của các phức chất giảm theo thứ tự sau: bis-Ag-
C > bis-Ag-Si > validamycin > Ag-C Ag-Si. 
58 
Bảng 3.1. Kết quả mô phỏng năng lƣợng điểm docking (DS), thông số độ lệch căn bậc hai 
trung bình (RMSD) và tƣơng tác với amino acid 4G9M của phức Ag-E và bis-Ag-E (với E 
là C và Si) và validamycin 
Phức 
Kí hiệu 
(Phức-protein) 
DS 
(kcal.mol
−1
) 
RMSD 
(Å) 
Tƣơng tác với amino acid 
Ag-C [Ag-C]-4G9M −9,6 0,80 
Asp A105, Arg A107, Glu B102, 
Asp A91, Gly A55, Arg B107, Lys 
B54, Asn A56, Asn B128, Asn 
B130, Gln A57 
Ag-Si [Ag-Si]-4G9M −11,9 1,19 
Asn B129, Gln A57, Gly A55, Lys 
A54, Asn A 56, Arg A107, Arg 
B107, Asp A91. 
bis-Ag-
C 
[bis-Ag-C]-4G9M −13,7 1,14 
Asn A56, Glu B102, Ala A104, 
Asp A105, Thr B132, Leu B108, 
Gln A57, His A106, Gly A53, Arg 
B107 
bis-Ag-
Si 
[bis-Ag-Si]-
4G9M 
−12,7 1,93 
Asp A105, Arg A107, Glu B102, 
Asp A91, Thr B132, Ala B131, Asn 
A56, Gln A57, Gly A53 
Valida
mycin 
Validamycin-
4G9M 
−12,3 1,06 
Gly B55, Gln B57, Ala B104, His 
B106, Arg A107, Leu A108, Asn 
A129, Asn A130 
Bảng 3.2. Các kết quả mô phỏng docking phân tử với các tƣơng tác quan trọng giữa phức 
hợp và protein 4G9M: khoảng cách tƣơng tác giữa các amino acid, vị trí liên kết năng 
lƣợng, liên kết cation –π, tƣơng tác ion và tổng số liên kết hydro 
Phức 
(ligand-protein) 
Phối tử Protein Tƣơng tác 
Độ dài 
(Å) 
Năng lƣợng 
(kcal.mol
−1
) 
Số 
liên 
kết 
H 
Ag-C-4G9M 
Cl O Leu 108 (B) H-donor 3,04 −1,2 
2 
Ag O Asn 129 (B) metal 2,76 −1,3 
Ag-Si-4G9M 
Cl O Glu 102 (A) H-donor 3,69 −0,5 
3 Si C Leu 108 (B) H-acceptor 3,98 −0,9 
Ag O Glu 102 (B) metal 2,61 −1,3 
bis-Ag-C-4G9M 
Cl N Asn 128 (B) H-acceptor 3,45 −4,2 
4 
Cl C Asn 130 (B) H-acceptor 4,11 −2,9 
Cl C Lys 54 (A) H-acceptor 3,92 −1,3 
Ag O Asn 129 (B) metal 2,66 −2,0 
bis-Ag-Si-4G9M 
Cl C Asn 130 (B) H-acceptor 3,79 −1,5 
4 
Cl N Gly 55 (A) H-acceptor 3,21 −11,6 
Ag O Asn 129 (B) metal 2,72 −2,6 
5-ring C Lys 54 (A) -H 3,79 −1,3 
59 
Validamycin -4G9M 
O O Asp 105 (B) H-donor 3,00 −2,6 
6 
O N Arg 107 (B) H-acceptor 3,20 −1,2 
O C Lys 54 (B) H-acceptor 3,77 −0,6 
O C Lys 54 (B) H-acceptor 3,64 −0,8 
O N Lys 54 (B) H-acceptor 3,31 −5,7 
O N Arg 107 (B) H-acceptor 2,89 −3,2 
3.1.1.3. Mô phỏng docking phân tử của phức AgCl-tetrylene đơn nhân và đa 
nhân vào protein 6JBR trong nấm gây bệnh đạo ôn 
Số liệu trong Bảng 3.3 3.4 cho thấy các giá trị DS của bạc-tetrylene (Ag-C, 
Ag-Si) thay đổi từ −12,9 tới −13,4 kcal.mol−1 nếu cho chúng ức chế protein 6JBR 
của M. oryzae. Các giá trị DS của bis-Ag-C và bis-Ag-Si tƣơng ứng là −16,3 và 
−18,1 kcal.mol
-1 
và không có sự khác biệt đáng kể. Trong khi đó, tricyclazole ức 
chế lên protein 6JBR có giá trị DS thấp nhất (−10,7 kcal.mol−1). 
Hình 3.4. Ức chế protein 6JBR của phức bạc-tetrylene và bis-bạc-tetrylene. 
(A) Cấu trúc của protein 6JBR trong nấm gây bệnh đạo ôn; (B) [Ag-C]-6JBR; (C) 
[Ag-Si]-6JBR; (D) [bis-Ag-C]-6JBR; (E) [bis-Ag-Si]-6JBR 
60 
Kết quả nghiên cứu cũng cho thấy chất ức chế tác dụng lên protein 6JBR của 
phức bạc-tetrylene Ag-E yếu hơn so với tricyclazole. Trong khi đó, phức bis-Ag-E 
tác dụng ức chế tốt hơn cả hai loại trên. Tóm lại, tác dụng ức chế đối với protein 
6JBR của các phức và tricyclazole giảm theo thứ tự sau: bis-Ag-C > bis-Ag-Si > 
tricyclazole Ag-C Ag-Si. 
Bảng 3.3. Kết quả mô phỏng năng lƣợng điểm docking (DS), thông số độ lệch căn bậc hai 
trung bình (RMSD) và tƣơng tác với amino acid 6JBR của phức Ag-tetrylene, bis-Ag (Ag-
E, bis-Ag-E với E là C và Si) và tricyclazole 
Phức 
Kí hiệu 
(phức-protein) 
DS 
(kcal.mol
−1
) 
RMSD 
(Å) 
Tƣơng tác với amino acid 
Ag-C [Ag-C]-6JBR −12,9 1,52 
Leu 392, Asp 388, Asn 391, Ser 
41, Tyr 54, Arg 22, Asp 153, Leu 
44, Arg 327, His 181, Thr 182, 
Trp 108, Met 390, Val 393, Lys 
294 
Ag-Si [Ag-Si]- 6JBR −13,4 1,30 
Asn 21, Arg 22, His 155, His 181, 
Ile 251, Met 390, Gly 389, Asp 
388, His 212, Lys 294, Gly 43, 
Arg 289, Ser 41, Arg 327 
bis-Ag-C 
[bis-Ag-C]-
6JBR 
−16,3 1,69 
His 181, Trp 108, Asp 388, Asp 
153, Met 390, Asn 391, Val 393, 
Lys 294, Phe 258, Ser 367, Val 
366, Phe 368, Leu 371, Val 287, 
Leu 44, Ser 41, Arg 22, Arg 327, 
Val 324, Thr 182 
bis-Ag-Si 
[bis-Ag-Si]-
6JBR 
−18,1 1,24 
Val 287, Leu 44, Ser 41, Arg 22, 
Arg 327, Val 394, His 181, Trp 
108, Asp 153, Thr 182, Tyr 154, 
Asp 388, Met 390, Asn 391, Val 
393, Lys 294, Phe 258, Ser 367, 
Val 366, Phe 368, Leu 371 
Tricyclazo
le 
Tricyclazole-
6JBR 
−10,7 1,77 
Tyr 154, Tyr 99, His 155, Arg 
289, Leu 44, Gly 42, Gly 43, Arg 
327, Ser 41 
61 
Bảng 3.4. Kết quả mô phỏng năng lƣợng điểm docking và tƣơng tác quan trọng giữa các 
phức và amino acid 6JBR, tƣơng tác và khoảng cách, liên kết tại chỗ, năng lƣợng, cation-π, 
liên kết π-π, tƣơng tác ion, và tổng số liên kết hydro 
Phức 
(phối tử-
protein) 
Phối tử Protein Tƣơng tác 
Độ dài 
(Å) 
E 
(kcal.mol
−1
) 
Liên 
kết 
hydro 
Ag-C-6JBR 
6-ring C Gly 42 (A) -H 3,61 −0,6 
3 5-ring N Gly 43 (A) -H 3,91 −3,4 
5-ring NH Arg 289 (A) -cation 3,67 −5,7 
Ag-Si-6JBR 
Ag O Asp 153 (A) metal 2,86 −4,0 
4 
Si O Asp 153 (A) ionic 3,98 −0,5 
6-ring C Gly 42 (A) -H 3,86 −0,7 
5-ring N Leu 44 (A) -H 3,97 −1,0 
Cl N Gly 42 (A) H-acceptor 2,89 −3,5 
7 
Cl C Leu 392 (A) H-acceptor 3,96 −1,6 
Ag O Thr 46 (A) metal 2,82 −1,4 
bis-Ag-C-
6JBR 
Ag O Glu 396 (A) ionic 3,55 −1,7 
5-ring N Gly 43 (A) -H 3,56 −1,2 
6-ring N Lys 257 (A) -cation 3,49 −1,3 
5-ring N Arg 289 (A) -cation 3,46 −0,6 
bis-Ag-Si-
6JBR 
Cl C Leu 392 (A) H-acceptor 3,84 −1,7 
10 
Cl C Gly 42 (A) H-acceptor 2,93 −0,9 
Si N Arg 289 (A) H-acceptor 3,21 −1,5 
Si NH Arg 289 (A) H-acceptor 3,6 −0,4 
Ag O Thr 46 (A) metal 2,95 −0,8 
Si O Glu 396 (A) ionic 3,04 −4,2 
Si O Glu 396 (A) ionic 3,54 −1,7 
5-ring N Gly 43 (A) -H 3,85 −1,7 
6-ring N Lys 257 (A) -cation 3,52 −1,1 
5-ring NH Arg 289 (A) -cation 3,66 −4,0 
Tricyclazole-
6JBR 
S O Asp 153 (A) H-donor 3,45 −2,3 
4 
N N Asn 21 (A) H-acceptor 3,61 −2,7 
N N Asn 21 (A) H-acceptor 3,8 −0,7 
N NH Arg 22 (A) H-acceptor 3,47 −1,6 
62 
Hình 3.5. Ức chế protein 4G9M bằng validamycin và protein 6JBR bằng tricyclazole: (A) 
Cấu trúc của protein 4G9M; (B) Cấu trúc của protein 6JBR; Các tƣơng tác giữa 
validamycin và protein 4G9M, tricyclazole và protein 6JBR: (C) Validamycin-4G9M, (D) 
Tricyclazole-6JBR 
Kết quả thu đƣợc từ các mô hình ghép nối phân tử cho thấy các phức hợp 
chứa bạc gồm bạc-tetrylene và bis-bạc-tetrylene có tác động ức chế mạnh trên cả 
protein 4G9M của R. solani và protein 6JBR của M. oryzae. 
3.1.2. Ức chế các nấm gây bệnh chết nhanh và chết chậm trên cây tiêu 
Trong nội dung này, luận án tiếp tục sử dụng phƣơng pháp lý thuyết mô 
phỏng để đánh giá khả năng ức chế nấm bệnh của các hệ phức chứa Ag, Cu và 
COS. Cụ thể, chúng tôi sử dụng các hệ phức Ag-COS, Cu-COS, Ag-COS-Cu để ức 
chế hai protein 6KD3 trong nấm Phytophthora capsici và 1JFA trong nấm 
Fusarium sporotrichioides gây bệnh chết nhanh và chết chậm trên cây tiêu. 
Cấu trúc của protein 6KD3 và 1JFA đƣợc thể hiện ở Hình 3.6. Giá trị DS và 
RMSD giữa các hợp chất, bao gồm các phức Ag-COS, Cu-COS, Ag-COS-Cu và hai 
protein 6KD3 và 1JFA cũng nhƣ một số loại tƣơng tác nhƣ liên kết hydro, liên kết 
ion, khoảng cách tƣơng tác giữa các amino acid, vị trí liên kết và tƣơng tác van der 
Waals đƣợc trình bày ở Hình 3.7-3.8 và Bảng 3.5-3.6. 
63 
Hình 3.6. (a) Cấu trúc của protein 6KD3 và (b) Cấu trúc của protein 1JFA 
Số liệu trong Bảng 3.5 3.6 cho thấy RMSD luôn nhỏ hơn 2 Å và giá trị DS 
của các hệ phức là khá âm và có số liên kết hidro là đáng kể, điều đó có nghĩa là các 
hệ phức Ag-COS, Cu-COS, Ag-COS-Cu ức chế khá tốt hai protein 6KD3 và 1JFA. 
Các hiệu ứng ức chế trên protein 6KD3 và 1JFA của các phức chất giảm theo thứ tự 
sau: Ag-COS-Cu > Cu-COS > Ag-COS. 
Hình 3.7. Mô phỏng tƣơng tác giữa protein 6KD3 với các phức (a) COS-Ag; (b) COS-Cu, 
và (c) Ag-COS-Cu 
64 
Bảng 3.5. Kết quả mô phỏng năng lƣợng điểm docking, thông số độ lệch căn bậc hai trung 
bình và tƣơng tác với amino acid 6KD3 của phức COS-Ag, COS-Cu, và Ag-COS-Cu 
Phức (phối 
tử-protein) 
DS 
(kcal.
mol
−1
) 
RMS
D (Å) 
Phối 
tử 
Protein Tƣơng tác 
Độ dài 
(Å) 
E 
(kcal.mol
−1
) 
Tƣơng tác 
Van der 
Waals 
COS-Ag -12,6 1,15 
O O Ile245(B) H-donor 2,85 -1,1 Ser90(A), 
Thr91(A), 
Phe31(A), 
His32(A), 
Arg63(B), 
Leu270(B), 
Glu290(B), 
Phe211(B), 
Leu271(B), 
Ser141(B), 
Thr140(B) 
O N Gly142(B) H-acceptor 3,14 -1,7 
O N Gln125(B) H-acceptor 3,15 -0,2 
O O Thr140(B) H-acceptor 2,70 -1,9 
COS-Cu -14.3 1.85 
N O Thr140(A) H-donor 3,01 -0,7 Arg63(A), 
Ile109(A), 
Phe211(A), 
Gly59(A), 
Glu248(A), 
Met247(A), 
Gly139(A), 
Leu270(A), 
Glu246(A) 
Phe31(B), 
Arg93(B), 
Ser90(B), 
Thr91(B), 
His32(B) 
N N Arg137(A) H-acceptor 3,60 -0,8 
N N Thr140(A) H-acceptor 3,13 -0,1 
O O Thr140(A) H-acceptor 2,77 -1,8 
Ag-COS-
Cu 
-15.9 1.67 
O O Glu248(B) H-donor 3,19 -1,3 Phe31(A). 
His32(A), 
Thr91(A), 
Ser90(A), 
Arg93(A), 
Ser92(A), 
Leu270(B), 
Thr140(B), 
Arg137(B), 
His107(B), 
Gly108(B), 
Gly58(A), 
Gln287(B), 
His66(B), 
Arg63(B), 
Glu290(B) 
O O Ser60(B) H-acceptor 2,96 -1,3 
O C Gly59(B) H-acceptor 3,10 -0,9 
Ag O Glu62(B) metal 2,68 -1,1 
O O Ser60(B) H-acceptor 2,96 -1,3 
O C Gly59(B) H-acceptor 3,10 -0,9 
Ag O Glu62(B) metal 2,68 -1,1 
65 
Bảng 3.6. Kết quả mô phỏng năng lƣợng điểm docking, thông số độ lệch căn bậc hai trung 
bình và tƣơng tác với amino acid 1JFA của phức COS-Ag, COS-Cu, và Ag-COS-Cu 
Phức 
(phối tử-
protein) 
DS 
(kcal.m
ol
−1
) 
RMS
D (Å) 
Phối 
tử 
Protein Tƣơng tác 
Độ 
dài 
(Å) 
E 
(kcal.mol
−1
) 
Tƣơng tác 
Van der 
Waals 
COS-Ag -12,6 1,10 
N N Asn225(A) H-acceptor 3,59 -0,7 Tyr295, 
Arg304, 
Leu97, 
Leu187, 
Met221, 
Ser229, 
Asn185, 
Gly186, 
Tyr305, 
Glu233, 
Asp239, 
Met73 
O N Lys232(A) H-acceptor 3,27 -1,0 
O N Lys232(A) H-acceptor 3,14 -1,5 
COS-Cu -13,1 1.08 
O N Lys232(A) H-acceptor 3,51 -1,0 Tyr305, 
Thr69, 
Asn225, 
Asn185, 
Arg182, 
Asp100, 
Glu164, 
Ser242, 
Asp239, 
Ile241, 
Leu97 
O N Arg304(A) H-acceptor 3,01 -3.1 
Cu O Glu233(A) metal 2,76 -0,7 
Ag-COS-
Cu 
-14,4 1,22 
N N Arg62(A) H-acceptor 3,20 -2,5 Ile241, 
Glu164, 
Ser242, 
Asp226, 
Asn225, 
Asp239, 
Glu233, 
Asn185, 
Asp236, 
Arg306, 
Leu97, 
Asp100, 
Tyr305, 
Arg182 
N N Arg62(A) H-acceptor 3,03 -4,7 
O N Lys232(A) H-acceptor 2,87 -4,8 
O N Lys232(A) H-acceptor 3,56 -0,6 
O N